1. 按部位分, 可分成内生殖器官和外生殖器官，分别指生殖系统在体内不可见的部分和体外可见的部分。
2. 按功能分, 男女生殖器官都可以分为两类：一类是性腺，一类是附性器官。男女生殖器官中的性腺都有双重使命， 一是产生精子或卵子；二是分泌性激素。性激素有助于附性器官的发育与生长。附性器官的功能是参与 完成性行为和完成新生命的形成与孕育。
3. 按性别分, 可分成女性生殖系统和男性生殖系统。