（一）观察时间长，费用贵，不能很快出成果；
（二）准备工作较繁重，设计的科学性要求高；
（三）暴露人年计算工作量较为繁重；
（四）研究少见病时，需要大量对象，因而不易收集到完整可靠的资料；
（五）每次只能研究一个或一组因素，有多种病因的疾病不知用此方法；
（六）此法亦可产生各种偏倚，因此在设计、调查和资料分析过程中均须尽量减少或控制这些偏倚。