胃肠炎型沙门氏菌感染应与急性细菌性痢疾、急性出血坏死性小肠炎、葡萄球菌性食物中毒、变形杆菌食物中毒、嗜盐杆菌食物中毒等相鉴别；类伤寒型、败血症型应与伤寒、副伤寒和其它细菌引起的败血症相鉴别；沙门氏菌引起的局部化脓感染型与其它细菌所致者，临床上很难区别，须通过局部病灶脓液培养来鉴别。