根据流行病学资料或与可疑患者有密切接触史，临床上有发热、腹泻、大便多样易变并有猩臭味，对抗生素易产生耐药性，病程迁延不愈等特点诊断。粪便、血液及尿液培养获得病原菌者，即可诊断。鼠伤寒沙门氏菌血清凝集试验效价≥1：160亦有诊断价值。