（一）细菌性痢疾 典型菌痢有高热、腹痛腹泻、泻脓血便。腹痛在下腹或左下腹，左下腹明显压痛，且有肠索，伴明显里急后重。粪检有较多脓细胞、吞噬细胞。重者常脱水。这都有利于和本病区别。
（二）其它细菌所致腹泻，如鼠伤寒、致病性大肠杆菌、耶氏菌、亲水气单胞菌，其他厌氧菌等，单从临床有时很难鉴别。怀疑时应依靠病原学和血清学来确诊。
（三）肠道外感染者须与沙门菌病及布氏菌病鉴别。