1. 理事会
科学院的官员，与科学院选出的数名院士一起组成理事会，办理由章程及附则规定的或由科学院交办的事务。
2. 执行委员会
科学院理事会设一执行委员会，由7人组成，包括院长、副院长、内务秘书、财长，其他成员 由院长从理事会中任命。
执行委员会成员任期与他们的其他职位任期同时结束。执行委员会的权利除了推荐院士外，在理事会会议闭会期间，如无理事会的特殊指定，还具有科学院理事会的一切权利。
院长和内务秘书即分别是执行委员会的主席及秘书。
3. 财务委员会
科学院设一财务委员会，由财长担任主席。该委员会包括科学院院长（或暂时任院长的副院长）、财长及其他由院长指定的6名以下的成员，其中1名应为董事会的成员。
财务委员会负责科学院所有财政来源的安全监护，负责决定所持有或托管的有价证券的买卖等一切相关事务。
4. 学部
科学院由理事会决定分为几个学部，代表科学研究的主要分支。每个学部选出1名主任，任期3年。学部主任就本学部的工作向科学院负责。各学部分别从本学部院士中，选举产生常务委员，组成学部常务委员会及其正、副主任，领导本学部工作。
学部的主要职能和任务是：接受科学院委托或根据院士的建议，组织院士对经济建设、社会发展中的重大科学技术问题，科技发展规划、学科发展战略和重大科技决策提供咨询，推动科技政策和措施的制定和实施；接受委托，组织院士对重要研究领域、研究计划和研究机构的学术问题，进行评议或指导；组织选举院士的工作；开展学术活动，进行科学普及，促进科学技术的广泛交流与合作等。
4.1 数学物理学部
4.2 化学部
4.3 生物学部
4.4 地学部
4.5 技术科学部
5. 学院
按科学院理事会采用的章程条款，学院作为科学院所属的独立成员组织成立。
5.1 数学学院
5.2 物理学院
5.3 化学学院
5.4 医学学院
5.5 软件学院
5.6 英语学院
6. 分院
按科学院理事会采用的组织机构条款，科学院设立地区分院。
6.1 澳大利亚分院
6.2 中国分院
6.3
美国分院
7. 科学院下设机构
1) 太平洋自然疗法与医学科学院，
2) 太平洋生态农学院
3) 太平洋生态林学院
4) 太平洋生态鱼学院
5) 太平洋房绿色地产学院，
6) 太平洋清洁能源学院,
7) 太平洋神之童学院。
太平洋绿色科学院统筹各学院的科研教育规划和高层管理人事任免。各学院又是在美国俄亥俄州独立注册的法人单位，拥有独立产权。各学院的物业产权由各学院的董事会决定。